Los tres puertos más importantes de Honduras por los cuales pasa casi todo el comercio de Honduras son: Puerto Cortes, Puerto Castilla y San Lorenzo. PuertoCortéss es el puerto más importante de Honduras y uno de los más importantes de Centro América. Puerto Cortés cuenta con una de las instalaciones portuarias más modernas de Centro América y gracias a su ubicación geográfica es uno de los 3 puertos latinos americanos que forman parte de la Container Security Iniciativa (CSI) y Security Freight Initiative (SFI).